#మాక్రో & మైక్రో-టెస్ట్ ద్వారా విప్లవాత్మకమైన టీబీ మరియు డీఆర్-టీబీ నిర్ధారణ పరిష్కారం!

క్షయవ్యాధి నిర్ధారణ మరియు ఔషధ నిరోధకతను గుర్తించడానికి ఒక కొత్త ఆయుధం: క్షయవ్యాధి అతిసున్నితత్వ నిర్ధారణ కోసం మెషిన్ లెర్నింగ్‌తో కలిపి ఉపయోగించే కొత్త తరం టార్గెటెడ్ సీక్వెన్సింగ్ (tNGS)

సాహిత్య నివేదిక: CCa: tNGS మరియు మెషిన్ లెర్నింగ్ ఆధారంగా రూపొందించబడిన ఒక రోగనిర్ధారణ నమూనా, ఇది తక్కువ బాక్టీరియల్ క్షయ మరియు క్షయ మెనింజైటిస్ ఉన్న వ్యక్తులకు అనుకూలంగా ఉంటుంది.

థీసిస్ శీర్షిక: క్షయవ్యాధిని లక్ష్యంగా చేసుకున్న నెక్స్ట్-జనరేషన్ సీక్వెన్సింగ్ మరియు మెషిన్ లెర్నింగ్: పాసిఫిక్ పల్మనరీ ట్యూబులార్స్ మరియు ట్యూబులార్ మెనింజైటిస్ కోసం ఒక అత్యంత సున్నితమైన రోగనిర్ధారణ వ్యూహం.

ఆవర్తన: 《క్లినికా చిమికా ఆక్టా》

IF: 6.5

ప్రచురణ తేదీ: జనవరి 2024

చైనీస్ అకాడమీ ఆఫ్ సైన్సెస్ విశ్వవిద్యాలయం మరియు క్యాపిటల్ మెడికల్ యూనివర్శిటీకి చెందిన బీజింగ్ ఛాతీ ఆసుపత్రితో కలిసి, మాక్రో & మైక్రో-టెస్ట్ సంస్థ కొత్త తరం టార్గెటెడ్ సీక్వెన్సింగ్ (tNGS) సాంకేతికత మరియు మెషిన్ లెర్నింగ్ పద్ధతి ఆధారంగా ఒక క్షయవ్యాధి నిర్ధారణ నమూనాను స్థాపించింది. ఇది తక్కువ బ్యాక్టీరియా ఉన్న క్షయవ్యాధి మరియు ట్యూబర్‌క్యులస్ మెనింజైటిస్‌ను గుర్తించడంలో అత్యంత అధిక సున్నితత్వాన్ని అందించింది, ఈ రెండు రకాల క్షయవ్యాధి యొక్క క్లినికల్ నిర్ధారణ కోసం ఒక కొత్త హైపర్సెన్సిటివిటీ నిర్ధారణ పద్ధతిని అందించింది, మరియు క్షయవ్యాధి యొక్క ఖచ్చితమైన నిర్ధారణ, ఔషధ నిరోధకతను గుర్తించడం మరియు చికిత్సకు సహాయపడింది. అదే సమయంలో, TBM నిర్ధారణలో క్లినికల్ శాంప్లింగ్ కోసం రోగి యొక్క ప్లాస్మా cfDNAను ఒక అనువైన నమూనా రకంగా ఉపయోగించవచ్చని కనుగొనబడింది.

ఈ అధ్యయనంలో, 227 ప్లాస్మా నమూనాలు మరియు సెరెబ్రోస్పైనల్ ఫ్లూయిడ్ నమూనాలను ఉపయోగించి రెండు క్లినికల్ కోహార్ట్‌లను ఏర్పాటు చేశారు. వీటిలో, క్షయవ్యాధి నిర్ధారణ యొక్క మెషిన్ లెర్నింగ్ మోడల్‌ను స్థాపించడానికి ప్రయోగశాల నిర్ధారణ కోహార్ట్ నమూనాలను, మరియు స్థాపించబడిన నిర్ధారణ మోడల్‌ను ధృవీకరించడానికి క్లినికల్ నిర్ధారణ కోహార్ట్ నమూనాలను ఉపయోగించారు. అన్ని నమూనాలను మొదట మైకోబాక్టీరియం ట్యూబర్‌క్యులోసిస్ కోసం ప్రత్యేకంగా రూపొందించిన టార్గెటెడ్ క్యాప్చర్ ప్రోబ్ పూల్ ద్వారా లక్ష్యంగా చేసుకున్నారు. ఆ తర్వాత, TB-tNGS సీక్వెన్సింగ్ డేటా ఆధారంగా, ప్రయోగశాల నిర్ధారణ క్యూ యొక్క శిక్షణ మరియు ధృవీకరణ సెట్‌లపై 5-ఫోల్డ్ క్రాస్-వాలిడేషన్ చేయడానికి డెసిషన్ ట్రీ మోడల్‌ను ఉపయోగించారు, మరియు ప్లాస్మా నమూనాలు మరియు సెరెబ్రోస్పైనల్ ఫ్లూయిడ్ నమూనాల నిర్ధారణ థ్రెషోల్డ్‌లను పొందారు. పొందిన థ్రెషోల్డ్‌ను గుర్తింపు కోసం క్లినికల్ నిర్ధారణ క్యూ యొక్క రెండు టెస్ట్ సెట్‌లలోకి తీసుకువచ్చారు, మరియు లెర్నర్ యొక్క నిర్ధారణ పనితీరును ROC కర్వ్ ద్వారా మూల్యాంకనం చేశారు. చివరగా, క్షయవ్యాధి నిర్ధారణ మోడల్‌ను పొందారు.

పటం 1 పరిశోధన రూపకల్పన యొక్క రేఖాచిత్రం

ఫలితాలు: ఈ అధ్యయనంలో నిర్ధారించబడిన CSF DNA నమూనా (AUC = 0.974) మరియు ప్లాస్మా cfDNA నమూనా (AUC = 0.908) యొక్క నిర్దిష్ట పరిమితుల ప్రకారం, 227 నమూనాలలో, CSF నమూనా యొక్క సున్నితత్వం 97.01%, నిర్దిష్టత 95.65%, మరియు ప్లాస్మా నమూనా యొక్క సున్నితత్వం మరియు నిర్దిష్టత వరుసగా 82.61% మరియు 86.36%గా ఉన్నాయి. TBM రోగుల నుండి సేకరించిన ప్లాస్మా cfDNA మరియు సెరెబ్రోస్పైనల్ ఫ్లూయిడ్ DNA యొక్క 44 జతల నమూనాల విశ్లేషణలో, ఈ అధ్యయనం యొక్క రోగనిర్ధారణ వ్యూహం ప్లాస్మా cfDNA మరియు సెరెబ్రోస్పైనల్ ఫ్లూయిడ్ DNAలో 90.91% (40/44) అధిక స్థిరత్వాన్ని కలిగి ఉంది మరియు సున్నితత్వం 95.45% (42/44)గా ఉంది. ఊపిరితిత్తుల క్షయవ్యాధి ఉన్న పిల్లలలో, ఈ అధ్యయనం యొక్క రోగనిర్ధారణ వ్యూహం, అదే రోగుల నుండి తీసుకున్న జీర్ణరసం నమూనాల Xpert గుర్తింపు ఫలితాల కంటే ప్లాస్మా నమూనాలకు ఎక్కువ సున్నితంగా ఉంటుంది (28.57% వర్సెస్ 15.38%).

పటం 2. జనాభా నమూనాల కోసం క్షయవ్యాధి నిర్ధారణ నమూనా యొక్క విశ్లేషణ పనితీరు

పటం 3 జత చేసిన నమూనాల నిర్ధారణ ఫలితాలు

ముగింపు: ఈ అధ్యయనంలో క్షయవ్యాధి నిర్ధారణ కోసం ఒక అత్యంత సున్నితమైన రోగనిర్ధారణ పద్ధతిని ఏర్పాటు చేయడం జరిగింది. ఇది ఒలిగోబాసిల్లరీ క్షయవ్యాధి (నెగటివ్ కల్చర్) ఉన్న క్లినికల్ రోగులకు అత్యధిక గుర్తింపు సున్నితత్వంతో కూడిన రోగనిర్ధారణ సాధనాన్ని అందించగలదు. ప్లాస్మా cfDNA ఆధారంగా అత్యంత సున్నితమైన క్షయవ్యాధిని గుర్తించడం అనేది, క్రియాశీల క్షయవ్యాధి మరియు క్షయ మెనింజైటిస్ నిర్ధారణకు ఒక అనువైన నమూనా రకం కావచ్చు (మెదడు క్షయవ్యాధి అనుమానం ఉన్న రోగుల నుండి సెరెబ్రోస్పైనల్ ద్రవం కంటే ప్లాస్మా నమూనాలను సేకరించడం సులభం).

అసలు లింక్: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990? via%3Dihub

మాక్రో & మైక్రో-టెస్ట్ క్షయవ్యాధి నిర్ధారణ శ్రేణి ఉత్పత్తుల సంక్షిప్త పరిచయం

క్షయ రోగుల సంక్లిష్టమైన నమూనా పరిస్థితి మరియు వివిధ అవసరాలను దృష్టిలో ఉంచుకుని, మాక్రో & మైక్రో-టెస్ట్ సంస్థ కఫం నమూనాల నుండి ద్రవీకరణ వెలికితీత, క్వాల్‌కామ్ లైబ్రరీ నిర్మాణం మరియు సీక్వెన్సింగ్, ఇంకా డేటా విశ్లేషణ కోసం పూర్తి స్థాయి NGS పరిష్కారాలను అందిస్తుంది. ఈ ఉత్పత్తులలో క్షయ రోగుల వేగవంతమైన నిర్ధారణ, క్షయవ్యాధిలో ఔషధ నిరోధకతను గుర్తించడం, మైకోబాక్టీరియం ట్యూబర్‌క్యులోసిస్ మరియు NTM టైపింగ్, బాక్టీరియా-నెగటివ్ క్షయ మరియు క్షయ వ్యాధిగ్రస్తులలో హైపర్సెన్సిటివిటీ నిర్ధారణ మొదలైనవి ఉన్నాయి.

క్షయ మరియు మైకోబాక్టీరియా నిర్ధారణ కోసం వరుస కిట్లు:

వస్తువు సంఖ్య	ఉత్పత్తి పేరు	ఉత్పత్తి పరీక్ష కంటెంట్	నమూనా రకం	వర్తించే మోడల్
HWTS-3012	నమూనా విడుదల ఏజెంట్	కఫం నమూనాల ద్రవీకరణ చికిత్సలో ఉపయోగించబడుతుంది, ఇది సుటాంగ్ మెషినరీ ఎక్విప్‌మెంట్ 20230047 అనే ప్రథమ శ్రేణి రికార్డు సంఖ్యను పొందింది.	కఫం
HWTS-NGS-P00021	అతి సున్నితమైన క్షయవ్యాధి కోసం క్వాల్‌కామ్ పరిమాణ గుర్తింపు కిట్ (ప్రోబ్ క్యాప్చర్ పద్ధతి)	బ్యాక్టీరియా-రహిత ఊపిరితిత్తుల క్షయ మరియు మెదడు కణుపుల కోసం నాన్-ఇన్వాసివ్ (లిక్విడ్ బయాప్సీ) హైపర్సెన్సిటివిటీ డిటెక్షన్; క్షయ లేదా క్షయ-యేతర మైకోబాక్టీరియాతో సోకినట్లు అనుమానించబడిన వ్యక్తుల నమూనాలను హై-డెప్త్ సీక్వెన్సింగ్ మెటాజెనోమిక్స్ ద్వారా విశ్లేషించారు, మరియు క్షయ లేదా క్షయ-యేతర మైకోబాక్టీరియా సోకిందా అనే గుర్తింపు సమాచారం మరియు మైకోబాక్టీరియం ట్యూబర్‌క్యులోసిస్ యొక్క ప్రధాన ఫస్ట్-లైన్ డ్రగ్ రెసిస్టెన్స్ సమాచారం అందించబడ్డాయి.	పరిధీయ రక్తం, అల్వియోలార్ లావేజ్ ద్రవం, హైడ్రోథొరాక్స్ మరియు అస్సైట్స్, ఫోకస్ పంక్చర్ నమూనా, సెరెబ్రోస్పైనల్ ద్రవం.	రెండవ తరం
HWTS-NGS-T001	మైకోబాక్టీరియం టైపింగ్ మరియు ఔషధ నిరోధకతను గుర్తించే కిట్ (మల్టీప్లెక్స్ యాంప్లిఫికేషన్ సీక్వెన్సింగ్ పద్ధతి)	MTBC మరియు 187 NTM తో సహా మైకోబాక్టీరియం టైపింగ్ పరీక్ష；మైకోబాక్టీరియం ట్యూబర్‌క్యులోసిస్ యొక్క ఔషధ నిరోధకత గుర్తింపు 13 ఔషధాలను మరియు ఔషధ నిరోధక జన్యువుల యొక్క 16 ప్రధాన ఉత్పరివర్తన స్థానాలను కవర్ చేస్తుంది.	కఫం, అల్వియోలార్ లావేజ్ ద్రవం, హైడ్రోథొరాక్స్ మరియు అసైటిస్, ఫోకస్ పంక్చర్ నమూనా, సెరెబ్రోస్పైనల్ ద్రవం.	రెండవ/మూడవ తరం డ్యూయల్ ప్లాట్‌ఫారమ్

ముఖ్యాంశాలు: HWTS-NGS-T001 మైకోబాక్టీరియం టైపింగ్ మరియు ఔషధ నిరోధకతను గుర్తించే కిట్ (మల్టీప్లెక్స్ యాంప్లిఫికేషన్ పద్ధతి)

ఉత్పత్తి పరిచయం

ఈ ఉత్పత్తి, WHO క్షయ చికిత్సా మార్గదర్శకాలలో వివరించిన ప్రధాన మొదటి మరియు రెండవ శ్రేణి మందులైన, NTM చికిత్సా మార్గదర్శకాలలో సాధారణంగా ఉపయోగించే మాక్రోలైడ్లు మరియు అమినోగ్లైకోసైడ్ల ఆధారంగా రూపొందించబడింది. అంతేకాకుండా, దీనిలోని ఔషధ నిరోధక స్థానాలు, WHO మైకోబాక్టీరియం ట్యూబర్‌క్యులోసిస్ కాంప్లెక్స్ మ్యుటేషన్ కేటలాగ్‌లోని ఔషధ నిరోధకతకు సంబంధించిన అన్ని స్థానాలను, అలాగే దేశ విదేశాలలోని అధిక ప్రాధాన్యత గల సాహిత్యం యొక్క పరిశోధన మరియు గణాంకాల ప్రకారం నివేదించబడిన ఇతర ఔషధ నిరోధక జన్యువులు మరియు మ్యుటేషన్ స్థానాలను కూడా కలిగి ఉంటాయి.

టైపింగ్ గుర్తింపు అనేది, చైనీస్ జర్నల్ ఆఫ్ ట్యూబర్‌క్యులోసిస్ అండ్ రెస్పిరేటరీ డిసీజెస్ ప్రచురించిన NTM మార్గదర్శకాలలో సంగ్రహించబడిన NTM స్ట్రెయిన్‌లు మరియు నిపుణుల ఏకాభిప్రాయంపై ఆధారపడి ఉంటుంది. రూపొందించిన టైపింగ్ ప్రైమర్‌లు 190 కంటే ఎక్కువ NTM జాతులను విస్తరించగలవు, సీక్వెన్స్ చేయగలవు మరియు వ్యాఖ్యానించగలవు.

లక్షిత మల్టీప్లెక్స్ PCR విస్తరణ సాంకేతికత ద్వారా, మైకోబాక్టీరియం యొక్క జీనోటైపింగ్ జన్యువులు మరియు ఔషధ-నిరోధక జన్యువులను మల్టీప్లెక్స్ PCR ద్వారా విస్తరించారు, మరియు గుర్తించాల్సిన లక్షిత జన్యువుల ఆంప్లికాన్ కలయికను పొందారు. ఈ విస్తరించిన ఉత్పత్తులను రెండవ తరం లేదా మూడవ తరం హై-త్రూపుట్ సీక్వెన్సింగ్ లైబ్రరీలుగా నిర్మించవచ్చు, మరియు లక్షిత జన్యువుల సీక్వెన్స్ సమాచారాన్ని పొందడానికి అన్ని రెండవ తరం మరియు మూడవ తరం సీక్వెన్సింగ్ ప్లాట్‌ఫారమ్‌లను హై-డెప్త్ సీక్వెన్సింగ్‌కు గురిచేయవచ్చు. అంతర్నిర్మిత రిఫరెన్స్ డేటాబేస్‌లో (WHO మైకోబాక్టీరియం ట్యూబర్‌క్యులోసిస్ కాంప్లెక్స్ మ్యుటేషన్ కేటలాగ్ మరియు ఔషధ నిరోధకతతో దాని సంబంధంతో సహా) ఉన్న తెలిసిన ఉత్పరివర్తనాలతో పోల్చడం ద్వారా, ఔషధ నిరోధకతకు లేదా క్షయవ్యాధి నిరోధక మందుల సున్నితత్వానికి సంబంధించిన ఉత్పరివర్తనాలను నిర్ధారించారు. మాక్రో & మైక్రో-టెస్ట్ యొక్క స్వీయ-వివరణాత్మక కఫ నమూనా చికిత్స పరిష్కారంతో కలపడం ద్వారా, క్లినికల్ కఫ నమూనాలలో తక్కువ న్యూక్లియిక్ యాసిడ్ విస్తరణ సామర్థ్యం (సాంప్రదాయ పద్ధతుల కంటే పది రెట్లు ఎక్కువ) సమస్యను పరిష్కరించారు, తద్వారా ఔషధ నిరోధకత సీక్వెన్సింగ్ గుర్తింపును నేరుగా క్లినికల్ కఫ నమూనాలకు వర్తింపజేయవచ్చు.

ఉత్పత్తి గుర్తింపు పరిధి

34ఔషధ నిరోధకతకు సంబంధించిన జన్యువులు18క్షయవ్యాధి నిరోధక మందులు మరియు6NTM డ్రగ్స్ కనుగొనబడ్డాయి, వీటిలో కిందివి ఉన్నాయి297ఔషధ నిరోధక ప్రదేశాలు; పది రకాల మైకోబాక్టీరియం ట్యూబర్‌క్యులోసిస్ మరియు అంతకంటే ఎక్కువ190వివిధ రకాల NTMలు గుర్తించబడ్డాయి.

పట్టిక 1: 18+6 ఔషధాలు +190+NTM సమాచారం

ఉత్పత్తి ప్రయోజనం

బలమైన క్లినికల్ అనుకూలత: కల్చర్ లేకుండా స్వీయ-ద్రవీకరణ ఏజెంట్‌తో కఫం నమూనాలను నేరుగా గుర్తించవచ్చు.

ప్రయోగాత్మక ఆపరేషన్ సులభం: మొదటి దశ విస్తరణ ఆపరేషన్ సులభంగా ఉంటుంది మరియు లైబ్రరీ నిర్మాణం 3 గంటల్లో పూర్తవుతుంది, ఇది పని సామర్థ్యాన్ని మెరుగుపరుస్తుంది.

సమగ్ర టైపింగ్ మరియు ఔషధ నిరోధకత: వైద్యపరంగా ఆందోళన కలిగించే కీలక అంశాలైన MTB మరియు NTM యొక్క టైపింగ్ మరియు ఔషధ నిరోధక సైట్‌లను కవర్ చేయడం, ఖచ్చితమైన టైపింగ్ మరియు ఔషధ నిరోధకతను గుర్తించడం, స్వతంత్ర విశ్లేషణ సాఫ్ట్‌వేర్‌కు మద్దతు ఇవ్వడం, మరియు ఒకే క్లిక్‌తో విశ్లేషణ నివేదికలను రూపొందించడం.

అనుకూలత: ఉత్పత్తి అనుకూలత, ప్రధాన ILM మరియు MGI/ONT ప్లాట్‌ఫారమ్‌లకు అనుగుణంగా మారడం.

ఉత్పత్తి వివరణ

ఉత్పత్తి కోడ్	ఉత్పత్తి పేరు	గుర్తింపు ప్లాట్‌ఫారమ్	స్పెసిఫికేషన్లు
HWTS-NGS-T001	మైకోబాక్టీరియం టైపింగ్ మరియు ఔషధ నిరోధకతను గుర్తించే కిట్ (మల్టీప్లెక్స్ యాంప్లిఫికేషన్ పద్ధతి)	ONT, ఇల్యూమినా, MGI, సాలస్ ప్రో	16/96rxn